Henrique memulakan kerjayanya di Coritiba. Kemudian, beliau dibeli ke Palmeiras.

Barcelona

Barcelona bersetuju untuk menandatangani Henrique dari Palmeiras sebanyak €8 juta dengan kontrak lima tahun, tidak lama selepas itu, beliau dipinjam ke Bayer 04 Leverkusen.[3] Pemindahan itu kemudian dilengkapkan sehari kemudian.[4] Henrique membuat 27 penampilan liga bersama Leverkusen dan melangkah ke perlawanan akhir DFB-Pokal. Beliau kemudian kembali ke Barcelona pada Jun 2009 dan diberi jersi 23 untuk menyambut kepulangannya. Pada 31 Ogos 2009, Henrique telah dipinjam ke Racing Santander.[5] Pinjaman itu diperbaharui pada 26 Julai 2010.[6]

Palmeiras

Pada 15 Julai 2011, Henrique kembali ke Brazil.[7] Pada 2 June 2012 Barcelona membatalkan kontrak Henrique. Henrique kemudian ke Palmeiras dengan pemindahan percuma pada musim 2011–12.[8] Ketika kempen Copa do Brasil 2012, jurulatih Luiz Felipe Scolari bermula menyuruh Henrique bermain di posisi pemain tengah untuk memantapkan lagi jentera serangan. Henrique juga menjadi naib kapten skuad, di belakang Marcos Assunção.

Napoli

Pada 30 Januari 2014, Henrique menandatangani kontrak tiga tahun setengah bersama kelab Serie A, Napoli. Bayaran pemindahan itu sebanyak €4 juta.[9]